・・・タイトル通り迷っているななくさです。
どちらもある程度は触れたことあるんだけど、今回作るものにどちらが向いているか
少し考えてみようと思う。

ウディタ
利点:
3レイヤーシステム、データベースの改変のしやすさ、ねくらマップチップ標準対応。
欠点:
各種素材の少なさ、RTP改変素材が使えない。

ツクール
利点:
素材が多い、デフォルトのシステムが高機能、スクリプト素材による機能追加
欠点:
レイヤーが2層しかない上Aマップの素材規格がねくらチップに対応させるにはつらい
データベースの改変(装備部位を増やすなど)がしずらい?

・・・うーん、ねくらチップを使えるようなレイヤーシステムがツクールでできれば
せっかく買ったんだしツクールを使いたいんだけどなぁ・・・というところですね。
LayerGraphicsというスクリプトも試してみたのですがよく分からないエラーをはきまして・・・
マルチレイヤーシステムも求めているものと少し違うかなぁと。
まあ、もう少し考えて見ます・・・ 

追記
ウディタの方向性で決まりました。